L’ISMU nasce nel 1991 per iniziativa della Fondazione Opere sociali della Cariplo con la denominazione di Istituto per lo Studio della Multietnicità, con sede in Foro Buonaparte a Milano, con l’obiettivo di promuovere studi e ricerche e di svolgere un’attività di documentazione, informazione e formazione sui molteplici aspetti connessi con la trasformazione multietnica e multiculturale della società.
Due anni più tardi, l’Istituto viene trasformato in Fondazione, ottiene il riconoscimento della personalità giuridica con la denominazione di Fondazione Cariplo per le Iniziative e lo Studio della Multietnicità.
Nel 2001 assume l’attuale denominazione Fondazione ISMU-Iniziative e Studi sulla Multietnicità e annovera, tra i propri soci, oltre alla Fondazione Cariplo, la Regione Lombardia e la Curia milanese cui si affiancherà, dal 2007, la Camera di Commercio Industria Artigianato e Agricoltura di Milano.
Nel 2001 la sede viene ampliata e trasferita in via Copernico 1, dove si trova attualmente.
La Fondazione Ismu, ente scientifico indipendente, si pone come struttura di servizio aperta alla collaborazione con le istituzioni di governo a livello nazionale ed europeo, le amministrazioni locali e periferiche, le agenzie socio-sanitarie, il mondo del volontariato e dell’associazionismo, il sistema degli interessi organizzati, le organizzazioni no profit, gli istituti scolastici di ogni ordine e grado, i centri di ricerca scientifica italiani e stranieri, le biblioteche e i centri di documentazione, le agenzie internazionali, le rappresentanze diplomatiche e consolari.