La struttura organizzativa dell’ISMU è composta dal Consiglio d’Amministrazione, dal Presidente, dal Segretario Generale, dal Collegio dei Sindaci e dall’Assemblea Generale.
Per realizzare le attività di ricerca e di intervento la Fondazione è organizzata in otto Settori: Monitoraggio, Educazione, Legislazione, Economia e Lavoro, Welfare e Sanità, Famiglia e minori, Religioni e Cedoc.
La gestione e organizzazione delle attività sono affidate al Segretario Generale, al quale fanno capo gli otto Settori, le funzioni di staff (Assistenza al Segretario generale, Attività di Comunicazione , Coordinamento Progetti e Segreteria) e di Amministrazione. Il Segretario Generale è affiancato da un Comitato Tecnico Scientifico, costituito dai Responsabili di Settore e dai componenti dello Staff (Assistente al Segretario Generale, Responsabile Comunicazione e responsabile coordinamento Progetti).